ハイデリンの理の外から飛来したと言われる謎の生命体が"オメガ"である。生物なのか機械なのかすら定かではなく、アラグ帝国時代に蛮神バハムートを捉え、活動を停止していたオメガだが、蛮神撃退のために再起動された。ギラバニアへと消息を絶ったオメガだったが……。

歴史上、数多の船が消息を絶ってきた不気味な海域、セイレーン海。迷信深い船乗りたちの間では、船を引き寄せる恐ろしい化け物が棲んでいるとも噂されているのだが……。